Modelo Brusselator de Reação-Difusão
Grupo: Carolina Lenzi, Eric Naiber e Vitória Xavier
O objetivo deste trabalho é implementar o modelo de reação-difusão Brusselator em duas dimensões, frequentemente utilizado para estudar sistemas complexos químicos e biológicos. O modelo é um sistema não linear de equações diferenciais parciais e foi proposto em 1970 por Ilya Prigogine e seus colaboradores da Universidade Livre de Bruxelas. Desde então tem sido aplicado para analisar reações oscilatórias e autocatalíticas. O método computacional utilizado para implementar o modelo foi o método FTCS (Forward Time Centered Space).
Modelo de Brusselator
O estudo de sistemas químicos e biológicos frequentemente requer o uso de modelos que caracterizam reações de reação-difusão. Um dos modelos mais utilizados é o modelo de Brusselator, que é utilizado para descrever o mecanismo químico de reação-difusão com oscilações não lineares. [J. Tyson, Some further studies of nonlinear oscillations in chemical systems, J. Chem. Phys. 58 (1973) 3919.] Turing [ref?] observou que quando determinadas reações são associadas a difusão, é possível obter um padrão espacial estável, e isso leva a teoria de morfogênese. Além de processos de reação-difusão, o modelo Brusselator é observado em reações enzimáticas e na física de plasma e de lasers.
O mecanismo de Brusselator proposto por Prigogine (1970) é dado por [I. Prigogine, R. Lefever, Symmetries breaking instabilities in dissipative systems II. J. Phys. Chem. 48, 1695–1700 (1968)]:
- (1.a)
- (1. b)
- (1.c)
- (1.d)
Onde U e V são as espécies químicas de interesse. Assumimos A e B em excesso para que o sistema não atinja o equilíbrio. Esse sistema químico foi importante para o avanço na área de sistemas complexos porque possibilita o uso de modelos matemáticos de duas dimensões, já que U e V são variáveis dependentes, e admite “limit-cycle oscilations”. [ R. Lefever and G. Nicolis, Chemical instabilities and sustained oscillations, J. Theor. Biol. 30 (1971) 267.].
As equações diferenciais parciais associadas com o sistema Brusselator são dadas por(G. Adomian, The diffusion-Brusselator equation. Comput. Math. Appl. 29, 1–3 (1995)):
onde e são as concentrações a serem investigadas em função de tempo e espaço, e são constantes relativas às concentrações dos reagentes A e B, e e constantes de difusão.
A solução analítica do sistema reação-difusão Brusselator ainda não é conhecida e por isso há o interesse de explorá-la numericamente.
Análise da estabilidade do sistema
Análise de ponto crítico
Considerando o sistema livre de difusão, quando :
Onde e e e são constantes positivas e reais. A matriz jacobiana no ponto crítico é dada por
Os autovalores de são os valores que satisfazem a equação caracterísitca
Os autovalores claramente mostram dependência em e no determinante . Esses autovalores governam a estabilidade do ponto crítico ou determinam a existência de um ciclo limite. As propriedades de estabilidade ou a existência de um ciclo limite estão sumarizadas na tabela abaixo, em relação a figura 1.
[[Arquivo:]]
Utilizando a teoria Hopf, é mostrado que o ponto crítico perde sua estabilidade quando A e B movem da região 2 para região 3, na figura 1, atravessando a curva . Uma bifurcação Hopf ocorre quando ao passo que essa curva é atravessada e um ciclo limite estável existe para A e B nas regiões 1 e 2, mas não para A e B nas regiões 3 e 4.
Conclui-se que a curva governa a estabilidade do sistema.
Análise de ponto fixo
O estado estacionário do sistema pode ser encontrado igualando o coeficiente de difusão, e portanto as derivadas parciais, a zero. Percebe-se que esse sistema converge para os pontos fixos:
Em [twizell] a manipulação da matriz jacobiana nos pontos fixos resulta nos seguintes autovalores
Onde fica claro que os denominadores dos autovalores são sempre positivos quando and Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle \ell > 0 } . As inequações
- Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle |\mu_1| < 1 \quad } e Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle \quad |\mu_2| < 1 }
São verdadeiras sempre que Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle 1 - b + a^2 = 0} . Portanto, uma condição suficiente para o ponto fixo Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle \left(a, \frac{b}{a}\right)} atrair a sequência gerada pelo sistema é Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle 1 - b + a^2 > 0} .
Ainda em [Twizell] o modelo reação-difusão Brusselator foi discretizado e a análise dos pontos fixos concluiu que o sistema converge para Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle u(x, t) = a} e Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle v(x, t)= \frac{b}{a} } , sendo esse o único estado estacionário do sistema.
Concluiu que também que o sistema apresenta estado oscilatório quando
- Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle 1 - b + a < 0 }
Estado em que o sistema não converge para nenhum ponto.
Método FTCS
O FTCS (Forward Time Centered Space) é um método de diferença finita que utiliza a derivada à direita ("para frente") no tempo e a derivada segunda centralizada no espaço para discretizar as variáveis. As derivadas no tempo e no espaço bidimensional ficam:
- Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle \frac{\partial f(x, y, t)}{\partial t} \to \frac{f(x, y, t + \Delta t) - f(x, y, t)}{\Delta t} + \mathcal{O}(\Delta t ^2) }
- Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle \frac{\partial^2 f(x, y, t)}{\partial x^2} \to \frac{f(x-\Delta x, y, t) - 2f(x, y, t) + f(x+\Delta x, y, t)}{(\Delta x)^2} + \mathcal{O}(\Delta x ^3) }
- Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle \frac{\partial^2 f(x, y, t)}{\partial y^2} \to \frac{f(x, y-\Delta y, t) - 2f(x, y, t) + f(x, y+\Delta y, t)}{(\Delta y)^2} + \mathcal{O}(\Delta y ^3) }
Substituindo nas equações do Brusselator
- Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle \frac{u(x, y, t + \Delta t) - u(x, y, t)}{\Delta t} = f(u, v) + D_u \left( \frac{u(x-\Delta x, y, t) - 2u(x, y, t) + u(x+\Delta x, y, t)}{(\Delta x)^2} + \frac{u(x, y-\Delta y, t) - 2u(x, y, t) + u(x, y+\Delta y, t)}{(\Delta y)^2} \right) }
- Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle \frac{v(x, y, t + \Delta t) - v(x, y, t)}{\Delta t} = g(u, v) + D_v \left( \frac{v(x-\Delta x, y, t) - 2v(x, y, t) + v(x+\Delta x, y, t)}{(\Delta x)^2} + \frac{v(x, y-\Delta y, t) - 2v(x, y, t) + v(x, y+\Delta y, t)}{(\Delta y)^2} \right) }
onde Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle f(u, v)} e Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle g(u, v)} são as funções que representam a reação sem difusão.
Utilizamos discretização do tipo
- Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle t = 0, 1\Delta t, 2\Delta t, 3\Delta t, ..., t_{max}}
- Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle x = 0, 1\Delta x, 2\Delta x, 3\Delta x, ..., N_x}
- Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle y = 0, 1\Delta y, 2\Delta y, 3\Delta y, ..., N_y}
Utilizando a notação Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle f(i\Delta x, j\Delta y, n\Delta t) = f_{i,j}^n}
, assumindo Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle \Delta x = \Delta y = \Delta s}
e rearranjando os termos, reescrevemos as equações como
- Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle u_{i,j}^{n+1} = u_{i, j}^n + f(u_{i,j}^n, v_{i, j}^n)\Delta t + K_u (u_{i-1, j}^n + u_{i+1, j}^n + u_{i, j-1}^n + u_{i, j+1}^n - 4 u_{i, j}^n) }
- Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle v_{i,j}^{n+1} = v_{i, j}^n + g(u_{i,j}^n, v_{i, j}^n)\Delta t + K_v (v_{i-1, j}^n + v_{i+1, j}^n + v_{i, j-1}^n + v_{i, j+1}^n - 4 v_{i, j}^n) }
onde Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle K_u = \frac{D_u \Delta t}{(\Delta s)^2}}
e Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle K_v = \frac{D_v \Delta t}{(\Delta s)^2}}
.
Análise de estabilidade do método
Implementação
O método foi implementado em Python, considerando Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle \Delta t = 0.1, \Delta s = 1, N_x = N_y = 50} , variando as constantes Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle a} e Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle b} e as condições iniciais do problema.
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import imageio
from random import randint
# Constantes
Nx = Ny = 50
Largura = 1
# Valores iniciais | Padrão de teste: U0 = 2 & V0 = 1 -> Pisca
# U0 = V0 = 1 -> Fica variando as piscadas entre horizontal e vertical
u0 = 1
v0 = 2
t = 0
t_max = 30
dt = 0.1
ds = 1
# a = 1, b = 3
a = 1
b = 1.7
# Constantes dos reagentes e da estabilidade
Du = 0.1
Dv = 1
ku = Du * dt / (ds ** 2)
kv = Dv * dt / (ds ** 2)
# Constantes para gerar o Gif
gif_passo_total = 0.1 # Intervalo de tempo entre imagens
gif_passo_inicial = 0 # Inicializador
figura = 1 # Nome das figuras
fig_names = [] # Armazenando nome das figuras
fig_atual = 0 # Figura atual
fig_total = t_max / dt # Quantia de figuras
size = Nx - 1 # Tamanho do range
plot_start = 0 # Começa a plotar a partir deste tempo
# Pedaço da equação sem derivada parcial
def f(u, v):
return a - (b + 1) * u + u * u * v
# Pedaço da equação sem derivada parcial
def g(u, v):
return b * u - u * u * v
# vetores no tempo n
u_n = np.zeros((Nx, Ny))
v_n = np.zeros((Nx, Ny))
# vetores no tempo n+1
u_n1 = np.zeros((Nx, Ny))
v_n1 = np.zeros((Nx, Ny))
# Condicoes novas
"""
Esta parte você pode tirar as aspas para gerar uma condição inicial desejada, se quiser pode ativar todas.
A mais interessante na minha opinião é a condição em uma posição aleatória.
"""
# Condição em formato de cruz (U0)
"""
for i in range(Largura):
# Meio
u_n[int(Nx / 2), int(Ny / 2)] = u0
# Laterais
# X Y
u_n[int(Nx / 2) + 1, int(Ny / 2)] = u0
u_n[int(Nx / 2) - 1, int(Ny / 2)] = u0
# Alturas
# X Y
u_n[int(Nx / 2), int(Ny / 2) + 1] = u0
u_n[int(Nx / 2), int(Ny / 2) - 1] = u0
"""
# Bordas (V0)
"""for i in range(Largura):
# Sup Esq
v_n[0, 0] = v0
# Sup Dir
v_n[0, Nx - 1] = v0
# Inf Esq
v_n[Nx - 1, 0] = v0
# Inf Dir
v_n[Nx - 1, Nx - 1] = v0"""
# Aleatório, 10 lugares
"""
for _ in range(randint(int(Nx / 5), Nx)):
u_n[randint(0, size), randint(0, size)] = u0
for _ in range(randint(int(Nx / 5), Nx)):
v_n[randint(0, size), randint(0, size)] = v0
"""
# Nove pontos centrais (u0)
mid = int(Nx / 2) # Centro
mov = int(Nx / 4) # Movendo para cima e para os lados
u_n[mid, mid] = u_n[mid + mov, mid + mov] = u_n[mid + mov, mid] = u_n[mid, mid + mov] = u_n[mid + mov, mid - mov] = u0
u_n[mid - mov, mid - mov] = u_n[mid - mov, mid] = u_n[mid, mid - mov] = u_n[mid - mov, mid + mov] = u0
# Toda a borda (v0)
for i in range(Nx):
v_n[0, i] = v0
v_n[i, 0] = v0
v_n[Nx - 1, i] = v0
v_n[i, Nx - 1] = v0
# Criando listas separadas para plotar os gráficos.
lista_pu = []
lista_pv = []
# Algumas listas são extras, não precisam realmente estar ali, estão apenas para organização.
lista_t = []
lista_u = []
lista_v = []
lista_indices = []
indice = 0
# Plot de concentração de Nx , Ny
lista_mesh_u = np.zeros((Nx, Ny))
lista_mesh_v = np.zeros((Nx, Ny))
# Calculando concentrações com FTCS
while t < t_max:
for i in range(Nx):
i_e = (i - 1) % Nx # vizinho a esquerda de 0 é o da ultima posicao
i_d = (i + 1) % Nx # vizinho a direita da ultima posicao é o zero
for j in range(Ny):
j_e = (j - 1) % Ny
j_d = (j + 1) % Ny
u_n1[i, j] = u_n[i, j] + dt * f(u_n[i, j], v_n[i, j]) \
+ ku * (u_n[i_e, j] + u_n[i_d, j] + u_n[i, j_e] + u_n[i, j_d] - 4 * u_n[i, j])
v_n1[i, j] = v_n[i, j] + dt * g(u_n[i, j], v_n[i, j]) \
+ kv * (v_n[i_e, j] + v_n[i_d, j] + v_n[i, j_e] + v_n[i, j_d] - 4 * v_n[i, j])
# Lista i, j
lista_mesh_u[i, j] = u_n1[i, j]
lista_mesh_v[i, j] = v_n1[i, j]
lista_u.append(u_n1[0][0])
lista_v.append(v_n1[0][0])
# atualizar u_n e v_n
for i in range(Nx):
for j in range(Ny):
u_n[i, j] = u_n1[i, j]
v_n[i, j] = v_n1[i, j]
# Criar o Gif, caso não queira o gif, apenas apague esta parte
if t > plot_start:
if gif_passo_inicial > gif_passo_total:
gif_passo_inicial = 0
plt.imshow(lista_mesh_u, interpolation='none')
plt.title(f'$u_0$ = {u0} | $v_0$ = {v0} | a = {a} | b = {b} | t: {round(t, 2)}s')
# Para funcionar você deve colocar onde será salvo as imagens geradas para o gif.
plt.savefig(f'C:/Users/ericn/PycharmProjects/MetCompC/Brusselator/Figuras/{figura}.png')
# Para funcionar você deve colocar onde foram salvas as imagens geradas para o gif.
fig_names.append(f'C:/Users/ericn/PycharmProjects/MetCompC/Brusselator/Figuras/{figura}.png')
fig_atual = figura
print(f'{round(fig_atual / fig_total * 100, 4)}%')
# Para fazer outro plot
if gif_passo_inicial > gif_passo_total:
lista_indices.append(indice)
indice += 1
gif_passo_inicial += dt
figura += 1
t += dt
lista_t.append(t)
print(f'{round(t / t_max * 100, 3)}%')
with imageio.get_writer('BrusselatorGif.gif', mode='I') as writer:
print('Gifando')
for filename in fig_names:
image = imageio.imread(filename)
writer.append_data(image)
# Plotar UxT animado
nome_plot = []
for i in lista_indices:
plt.plot(lista_t, lista_u, color='red', label=f'$u_0$ = {u0}')
plt.plot(lista_t, lista_v, color='blue', label=f'$v_0$ = {v0}')
plt.scatter(lista_t[i], lista_u[i], color='black')
plt.xlabel('tempo')
plt.ylabel('concentração')
plt.title(f'Taxa de variação das concentrações. t = {lista_t[i]}')
plt.xticks([i for i in range(0, 51, 5)])
plt.legend()
plt.grid(True)
# Para funcionar você deve colocar onde será salvo as imagens geradas para o gif.
plt.savefig(f'C:/Users/ericn/PycharmProjects/MetCompC/Brusselator/PlotUT/{i}.png')
# Para funcionar você deve colocar onde foram salvas as imagens geradas para o gif.
nome_plot.append(f'C:/Users/ericn/PycharmProjects/MetCompC/Brusselator/PlotUT/{i}.png')
plt.cla()
print(f'{round(i/lista_indices[-1]*100, 3)}%')
with imageio.get_writer('BrusselatorUTGif.gif', mode='I') as writer:
print('Gifando')
for filename in nome_plot:
image = imageio.imread(filename)
writer.append_data(image)
