Termostato de Nosé-Hoover
Grupo: Gabriel Azevedo, Rafael Abel e Thierre F. Conceição.
Termostato de Nosé-Hoover
O termostato de Nosé-Hoover é um algoritmo utilizado para simulação de dinâmica molecular. Esse ensemble é relevante quando o sistema em estudo está em contato com um banho térmico, para manter a temperatura constante[1]. A maneira que o algoritmo de Nosé-Hoover mantém a temperatura constante é a partir da adição de uma variável dinâmica fictícia (um "agente" externo), que atua sobre as velocidades das partículas no sistema, as acelerando ou desacelerando até que estas atinjam a temperatura desejada.
Este trabalho tem como objetivo simular um fluído de Lennard Jones a partir do termostato de Nosé-Hoover, a fim de estudar o efeito das variáveis presentes no modelo do termostato sobre as variáveis física do sistema.
Método
Termostato de Nose
Para entender o termostado de Nóse-Hoover, primeiramente será mostrado o termostato de Nosé[2].
Este termostato atribui coordenadas generalizados adicionais e o seu momento conjugado ao banho térmico. O fator é definido como um fator de escala das velocidades, onde:
E também são definidas as energia potenciais e cinética associadas a como:
e
onde é entendido como a "inércia térmica", ele determina a escala do tempo da flutuação de temperatura.
O Lagrangiano do sistema extendida (consistente das partículas e do banho térmico) então é postulado como:
Como não é explicitamente dependente do tempo:
Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle \mathcal H_N = \mathcal K + \mathcal K_s + \mathcal U + \mathcal U_s = \sum_i \frac{\bold p_i^2}{2m_is^2} + \frac{p_s^2}{2Q} + \mathcal U(\bold r) + (N_f + 1)k_BTln(s)}
Como Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle \mathcal H_N } se conserva, esse sistema é numericamente estável [3]
Assim, as equações de movimento podem ser deduzidas:
Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle \bold \dot r_i = \frac{\partial \mathcal H_N}{\partial \bold p_i} = \bold p_i/(m_is^2)}
Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle \bold \dot p = -\frac{\partial \mathcal H_N}{\partial \bold r_i} = \bold f_i} onde Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle f } é o número de graus de liberdade do sistema;
Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle \dot s = \frac{\partial \mathcal H_N}{\partial p_s} = p_s/Q}
Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle \dot p_s = -\frac{\partial \mathcal H_N}{\partial s} = \sum_i \frac{\bold p_i^2}{m_is^3} - (N_f + 1)k_BT/s }
Assim, para tempos longos, o termostato de Nose pode ser tratado como um sistema de partículas junto a um banho térmico, ou seja, como um ensemble canônico. Entretanto, o valor de Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle Q } precisa ser determinado por tentativa e erro. Outro problema do termostato de Nose é o fato de que, por as velocidades serem escaladas com o Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle s } , o tempo também será escalado com Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle s } , o que não acontece em sistemas reais e extendidos. [3]
Termostato de Nosé-Hoover
Para contornar esses problemas, Hoover utilizou uma parametrização diferente, sem o termo Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle s. } [4]. O parâmetro Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle s } pode ser removido das equações reescrevendo-as utilizando Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle \bold r } , Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle \bold \dot r } e Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle \bold \ddot r } . Assim, as equações de movimento do termostato de Nosé-Hoover são:
Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle \bold \dot r = \dot p_i/m_i}
Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle \bold \dot p = \bold f_i - \xi \bold p_i = \bold f_i \frac{p_\eta}{Q}\bold p_i }
Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle \dot \eta = \left(\sum_ip_i^2/m_i - L/\beta\right)/Q }
onde Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle L = 3N } , referente aos graus de liberdade do sistema e Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle \eta } agora é o termo relacionado a fricção do banho térmico.
Cadeias de Nose-Hoover
O termostato de Nosé-Hoover gera distribuição canônica quando não existem forças externas ao sistema. Enquanto existem sistemas com forças externas que podem apresentar este comportamento, existem casos com forças externas onde esse termostato não gera o comportamento esperado. Para contornar esse problema, Martyna et al. [5] propuseram uma solução onde um termostato de Nosé-Hoover está acoplado a outro termostato de Nosé-Hover, formando uma cadeia. Este sistema ainda irá gerar uma distribuição canônica e não apresentará problemas com forças externas. As equações de movimento para um sistema com M termostatos são:
Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle \bold \dot r_i = \frac{\bold p_i}{m_i} }
Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle \bold f_i - \frac{p_{\xi 1}}{Q_1}\bold p_i }
Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle \dot \xi_k = \frac{p_{\xi,k}}{q_k} \quad k=1,...,M }
Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle \dot p_{\xi, 1} = \left(\sum_i\frac{p_i^2}{m_i} - Lk_BT\right) - \frac{p_{\xi,2}}{q_2}p_{\xi,1} }
Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle \dot p_{\xi, k} = \left[\frac{p_{\xi_{k-1}}^2}{Q_{k-1}} - k_BT\right] - \frac{p_{\xi_{k+1}}}{Q_{k+1}} }
. . .
Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle \dot p_{\xi, M} = \left[\frac{p_{\xi_{M-1}}^2}{Q_{M-1}} - k_BT\right] }
Que serão as equações utilizadas para a este trabalho, utilizando Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle M=2 } .
Resultados
Objetivos
Utilizando o termostato de Nosé-Hoover, serão feitos gráficos utilizando diferentes valores de Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle Q } , a fim de analisar qual é o efeito dessa variável sobre o sistema. Para melhor análise, primeiramente o sistema será estabilizado com a temperatura Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle T = 1.0 } , e então terá um pulo na temperatura para Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle T = 1.5 } , com isso será possível analisar qual é o efeito da inércia térmica do banho térmico do sistema.
Serão feitos gráficos da temperatura ao longo do tempo de simulação, onde será possível observar as flutuações que ocorrem no sistema, além de um gráfico para mostrar a depedência da velocidade das partículas de acordo com o Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle Q } escolhido.
Temperatura constante
Primeiramente, foi feita uma simulação, com Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle T = 1.0 } constante ao longo de toda simulação utilizando três diferentes valores para a inércia do banho térmico, Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle Q = 0.1 } (que será chamado de "Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle Q } baixo"), Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle Q = 1.0 } ("Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle Q } intermediário") e Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle Q = 10.0 } ("Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle Q } alto"), conforme visto nas figuras 1, 2 e 3. É notável que existem intensas oscilações na temperatura no início da simulação para cada Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle Q } utilizado, devido ao tempo que o sistema leva para atingir o equilíbrio. Além disso, as oscilações se mantém ao longo de toda simulação.
Na figura 4 vemos, diretamente, a diferença causada pelos diferentes valores de Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle Q } . Para um Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle Q } baixo, existem oscilações pouco intensas mas de maior frequência, para um Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle Q } alto o sistema tende para a temperatura desejada sem muitas oscilações. O comportamento do Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle Q } intermediário se encontra entre os dois valores de Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle Q } testados.
Salto de temperatura
Abaixo são demonstradas situações onde houve um salto da temperatura de Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle T = 1.0 } para Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle T = 1.5 } a partir do passo Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle 12000 } (esse valor foi escolhido para ter certeza que o sistema já se encontrava no equílibrio neste instante), utilizando os mesmos três diferentes valores da variável referente a inércia do banho térmico do exemplo acima.
O que nota-se neste resultado, e que fica mais claro na figura 8, é que para um valor de Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle Q } baixo, ou seja, baixa inércia térmica, a temperatura do sistema possui muitas oscilações quando acontece o pulo, logo o sistema demora mais para se estabilizar, entretanto, quando estabilizado as oscilações são menores do que para valores de Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle Q } maiores. Para um Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle Q } alto, a temperatura não oscila depois do pulo, tendendo rapidamente para o valor desejado, entretanto, possuindo oscilações maiores do que para um Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle Q } baixo. O resultado de Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle Q } intermediário apresenta um comportamento entre os outros dois resultados, apresentando oscilações após o pulo, mas rapidamente tendendo para o valor desejado.
Conforme visto, o valor de Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle Q } influência o equilíbrio do sistema, portanto, conforme dito anteriormente, este valor precisa ser determinado, para cada sistema, por tentativa e erro.
Entretanto, o valor de Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle Q } não pode afetar as propriedades físicas da partícula, como a velocidade. Visto que a velocidade da partícula, ou seja, a temperatura média do sistema, é independente de Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle Q } , um gráfico da distribuição de Maxwell-Boltzmann para cada situação tem de ser idêntico à todos outros valores de Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle Q } . Isso é demonstrado nas figuras abaixo.
FIG 9
FIG 10
Programas Utilizados
Programa sem o salto de temperatura
/*********************************************/
// Simulação de DM de um fluido de Lennard-Jones com termostato Nose-Hoover Compile usando "gcc -o NVT_NH NVT_NH.c -lm -lgsl" //
/********************************************/
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
#include <math.h>
#include <gsl/gsl_rng.h>
#include <gsl/gsl_randist.h>
/*********CONSTANTES GLOBAIS #1*****************/
#define rho 0.75 //Densidade
#define V N*1./rho //Volume
#define N 256 //Numeros de particulas
#define T0 0.0
#define M 2 //Numero de correntes Nosé-Hoover
#define TEMPO_MAX 10000 //Tempo de simulação
/*********VARIAVEIS GLOBAIS******************/
double rx[N],ry[N],rz[N];
double vx[N],vy[N],vz[N];
double xi1[N],xi2[N],vxi1[N],vxi2[N];
double fx[N],fy[N],fz[N];
double Q1[M],Q2[M];// "Massa" de resistencia do Termostato
double uk,pe; // Energia cinetica e potencial
double T;
double et, et0,r2;
/*********CONSTANTES GLOBAIS #2******************/
double l=3*N;// Variaveis reais - Frenkel --> L=3N
double L = pow(V,1./3.);//Comprimento da aresta da caixa
double delt=0.0002, delt2, delt4, delt8;
double To = 1.0;//Temperatura de interesse
/********************FUNÇÕES*********************/
void init(void);
void force(void);
void chain(double T);
void aplica_PBC(void);
/********************************************/
gsl_rng * r;// Gerador global
/****INCIAR AS POSIÇÕES E VELOCIDADES********/
void init ( void)
/*******************************************/
{
int i;
double cmvx=0.0,cmvy=0.0,cmvz=0.0;
double fac;
double dx,dy,dz;
int M1,n1;
unsigned long int Seed = 23410981;
gsl_rng_set(r,Seed);
uk=0;
n1=ceil(pow(N,1./3.));
M1=pow(n1,3);
dx=pow(V/M1,(1./3.));
dy=pow(V/M1,(1./3.));
dz=pow(V/M1,(1./3.));
for (i=0;i<N;i++)
{
rx[i] = (i%n1)*dx;
ry[i] = ((i/n1)%n1)*dy;
rz[i] = ((i/(n1*n1))%n1)*dz;
// Velocidade aleatoria de distribuição normal
vx[i]=gsl_ran_gaussian(r,1.0);
vy[i]=gsl_ran_gaussian(r,1.0);
vz[i]=gsl_ran_gaussian(r,1.0);
cmvx+=vx[i];
cmvy+=vy[i];
cmvz+=vz[i];
vx[i]-=cmvx/N;
vy[i]-=cmvy/N;
vz[i]-=cmvz/N;
uk+=(vx[i]*vx[i]+vy[i]*vy[i]+vz[i]*vz[i])/2;// Energia cinética média
}
/********************************************/
if (T0>0.0)
{
T = (2/3)*(uk/N);// Temperatura do sistema
fac=sqrt(T0/T);
for (i=0;i<N;i++)
{
vx[i]*=fac;
vy[i]*=fac;
vz[i]*=fac;
uk+= (vx[i]*vx[i]+vy[i]*vy[i]+vz[i]*vz[i])/2;
}
}
return;
}
/*********CALCULAR FORÇAS******************/
void force(void)
/*******************************************/
{
int i,j;
double dx, dy, dz,r2i, r6i;
double ff,rc,rc2;
double ecut;
pe = 0.0;
rc = L/2;
rc2 = rc*rc;
ecut = 4*(pow(rc2,-6)-pow(rc2,-3));
for (i=0;i<N;i++)
{
fx[i]=0.0;
fy[i]=0.0;
fz[i]=0.0;
}
for (i=0;i<(N-1);i++)
{
for (j=i+1;j<N;j++)
{
dx = (rx[i]-rx[j]);
dy = (ry[i]-ry[j]);
dz = (rz[i]-rz[j]);
dx=dx-rint(dx/L)*L;
dy=dy-rint(dy/L)*L;
dz=dz-rint(dz/L)*L;
r2 = dx*dx + dy*dy + dz*dz;
if (r2<rc2)
{
r2i = 1.0/r2;
r6i = r2i*r2i*r2i;
ff = 48.0*r6i*r2i*(r6i-0.5);
fx[i] += dx*ff;
fx[j] -= dx*ff;
fy[i] += dy*ff;
fy[j] -= dy*ff;
fz[i] += dz*ff;
fz[j] -= dz*ff;
pe+= 4.0*r6i*(r6i - 1.0) - ecut;//Energia potencial
}
}
}
return;
}
/*******************************************/
void chain ( double T)
/*******************************************/
{
double G1, G2, s;
int i;
Q1[0] = 10;//1.0//0.1
Q2[1] = 10;//1.0//0.1
delt2 = delt/2;
delt4 = delt/4;
delt8 = delt/8;
G2= (Q1[0]*vxi1[0]*vxi1[0]-T);
vxi2[1]= vxi2[1] + G2*delt4;
vxi1[0]=vxi1[0]*exp(-vxi2[1]*delt8);
G1=(2*uk-l*T)/Q1[0];
vxi1[0]=vxi1[0] + G1*delt4;
vxi1[0]=vxi1[0]*exp(-vxi2[1]*delt8);
xi1[0]=xi2[0] + vxi1[0]*delt2;
xi2[1]=xi2[1] + vxi2[1]*delt2;
s=exp(-vxi1[0]*delt2);
for (i=0;i<N;i++)
{
vx[i]=s*vx[i];
vy[i]=s*vy[i];
vz[i]=s*vz[i];
}
uk = uk*s*s;
vxi1[0]=vxi1[0]*exp(-vxi2[1]*delt8);
G1=(2*uk-l*T)/Q1[0];
vxi1[0]=vxi1[0] + G1*delt4;
vxi1[0]=vxi1[0]*exp(-vxi2[1]*delt8);
G2=(Q1[0]*vxi1[0]*vxi1[0]-T)/Q2[1];
vxi2[1]=vxi2[1] + G2*delt4;
return;
}
void aplica_PBC(void)
{
int i;
for(i=0;i<N;i++)
{
if(rx[i]>L)
{
rx[i] = rx[i] - 1.0*L;
}
else if (rx[i]<0) {
rx[i] = rx[i] + 1.0*L;
}
if(ry[i]>L)
{
ry[i] = ry[i] - 1.0*L;
}
else if (ry[i]<0) {
ry[i] = ry[i] + 1.0*L;
}
if(rz[i]>L)
{
rz[i] = rz[i] - 1.0*L;
}
else if (ry[i]<0)
{
rz[i] = rz[i] + 1.0*L;
}
}
return;
}
/*******************************************/
/*******************************************/
int main ( void )
/*******************************************/
{
int i;
double t;
const gsl_rng_type * A;
gsl_rng_env_setup();
A = gsl_rng_default;
r = gsl_rng_alloc (A);
init();
/*******************************************/
for (t=0;t<TEMPO_MAX;t++)
{
chain(To);
/******************************************/
uk = 0.0;
for (i=0;i<N;i++)
{
rx[i]+=vx[i]*delt2;
ry[i]+=vy[i]*delt2;
rz[i]+=vz[i]*delt2;
}
aplica_PBC();
/************Calculo das Forças**************/
force();
/********************************************/
for (i=0;i<N;i++)
{
vx[i]+=delt*fx[i];
vy[i]+=delt*fy[i];
vz[i]+=delt*fz[i];
rx[i]+=vx[i]*delt2;
ry[i]+=vy[i]*delt2;
rz[i]+=vz[i]*delt2;
uk+=(vx[i]*vx[i]+vy[i]*vy[i]+vz[i]*vz[i])/2;
}
chain(To);
T = (2/3.)*(uk/N);
et = pe + uk;
/*Tempo,ENERGIA(Potencial,Cinetica,Total) e Temperatura*/
printf("%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n", t,pe,uk,et,T);
/********************************************/
}
return 0;
}
Programa com o salto de temperatura
/*********************************************/
// Simulação de DM de um fluido de Lennard-Jones com termostato Nose-Hoover Compile usando "gcc -o NVT_NH NVT_NH.c -lm -lgsl" //
/********************************************/
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
#include <math.h>
#include <gsl/gsl_rng.h>
#include <gsl/gsl_randist.h>
/*********CONSTANTES GLOBAIS #1*****************/
#define rho 0.75 //Densidade
#define V N*1./rho //Volume
#define N 256 //Numeros de particulas
#define T0 0.0
#define M 2 //Numero de correntes Nosé-Hoover
#define TEMPO_MAX 30000 //Tempo de simulação
/*********VARIAVEIS GLOBAIS******************/
double rx[N],ry[N],rz[N];
double vx[N],vy[N],vz[N];
double xi1[N],xi2[N],vxi1[N],vxi2[N];
double fx[N],fy[N],fz[N];
double Q1[M],Q2[M];// "Massa" de resistencia do Termostato
double uk,pe; // Energia cinetica e potencial
double T;
double pe, et, et0,r2;
/*********CONSTANTES GLOBAIS #2******************/
double l=3*N;// Variaveis reais - Frenkel --> L=3N
double L = pow(V,1./3.);//Comprimento da aresta da caixa
double delt=0.0002, delt2, delt4, delt8;
double To = 1.0;//Primeira temperatura de interesse
double tempo_p=12000; // Tempo do pulo de temperatura
double Temp_p=1.5;//Segundo temperatura de interesse
/********************FUNÇÕES*********************/
void init(void);
void force(void);
void chain(double T);
void aplica_PBC(void);
/********************************************/
gsl_rng * r;// Gerador global
/****INCIAR AS POSIÇÕES E VELOCIDADES********/
void init ( void)
/*******************************************/
{
int i;
double cmvx=0.0,cmvy=0.0,cmvz=0.0;
double fac;
double dx,dy,dz;
int M1,n1;
unsigned long int Seed = 23410981;
gsl_rng_set(r,Seed);
uk=0;
n1=ceil(pow(N,1./3.));
M1=pow(n1,3);
dx=pow(V/M1,(1./3.));
dy=pow(V/M1,(1./3.));
dz=pow(V/M1,(1./3.));
for (i=0;i<N;i++)
{
rx[i] = (i%n1)*dx;
ry[i] = ((i/n1)%n1)*dy;
rz[i] = ((i/(n1*n1))%n1)*dz;
// Velocidade aleatoria de distribuição normal
vx[i]=gsl_ran_gaussian(r,1.0);
vy[i]=gsl_ran_gaussian(r,1.0);
vz[i]=gsl_ran_gaussian(r,1.0);
cmvx+=vx[i];
cmvy+=vy[i];
cmvz+=vz[i];
vx[i]-=cmvx/N;
vy[i]-=cmvy/N;
vz[i]-=cmvz/N;
uk+=(vx[i]*vx[i]+vy[i]*vy[i]+vz[i]*vz[i])/2;// Energia cinética média
}
/********************************************/
if (T0>0.0)
{
T = (2/3)*(uk/N);// Temperatura do sistema
fac=sqrt(T0/T);
for (i=0;i<N;i++)
{
vx[i]*=fac;
vy[i]*=fac;
vz[i]*=fac;
uk+= (vx[i]*vx[i]+vy[i]*vy[i]+vz[i]*vz[i])/2;
}
}
return;
}
/*********CALCULAR FORÇAS******************/
void force(void)
/*******************************************/
{
int i,j;
double dx, dy, dz,r2i, r6i;
double ff,rc,rc2;
double ecut;
pe = 0.0;
rc = L/2;
rc2 = rc*rc;
ecut = 4*(pow(rc2,-6)-pow(rc2,-3));
for (i=0;i<N;i++)
{
fx[i]=0.0;
fy[i]=0.0;
fz[i]=0.0;
}
for (i=0;i<(N-1);i++)
{
for (j=i+1;j<N;j++)
{
dx = (rx[i]-rx[j]);
dy = (ry[i]-ry[j]);
dz = (rz[i]-rz[j]);
dx=dx-rint(dx/L)*L;
dy=dy-rint(dy/L)*L;
dz=dz-rint(dz/L)*L;
r2 = dx*dx + dy*dy + dz*dz;
if (r2<rc2)
{
r2i = 1.0/r2;
r6i = r2i*r2i*r2i;
ff = 48.0*r6i*r2i*(r6i-0.5);
fx[i] += dx*ff;
fx[j] -= dx*ff;
fy[i] += dy*ff;
fy[j] -= dy*ff;
fz[i] += dz*ff;
fz[j] -= dz*ff;
pe+= 4.0*r6i*(r6i - 1.0) - ecut;//Energia potencial
}
}
}
return;
}
/*******************************************/
void chain ( double T)
/*******************************************/
{
double G1, G2, s;
int i;
Q1[0] = 10;//0.1/1.0
Q2[1] = 10;//0.1//1.0
delt2 = delt/2;
delt4 = delt/4;
delt8 = delt/8;
G2= (Q1[0]*vxi1[0]*vxi1[0]-T);
vxi2[1]= vxi2[1] + G2*delt4;
vxi1[0]=vxi1[0]*exp(-vxi2[1]*delt8);
G1=(2*uk-l*T)/Q1[0];
vxi1[0]=vxi1[0] + G1*delt4;
vxi1[0]=vxi1[0]*exp(-vxi2[1]*delt8);
xi1[0]=xi2[0] + vxi1[0]*delt2;
xi2[1]=xi2[1] + vxi2[1]*delt2;
s=exp(-vxi1[0]*delt2);
for (i=0;i<N;i++)
{
vx[i]=s*vx[i];
vy[i]=s*vy[i];
vz[i]=s*vz[i];
}
uk = uk*s*s;
vxi1[0]=vxi1[0]*exp(-vxi2[1]*delt8);
G1=(2*uk-l*T)/Q1[0];
vxi1[0]=vxi1[0] + G1*delt4;
vxi1[0]=vxi1[0]*exp(-vxi2[1]*delt8);
G2=(Q1[0]*vxi1[0]*vxi1[0]-T)/Q2[1];
vxi2[1]=vxi2[1] + G2*delt4;
return;
}
void aplica_PBC(void)
{
int i;
for(i=0;i<N;i++)
{
if(rx[i]>L)
{
rx[i] = rx[i] - 1.0*L;
}
else if (rx[i]<0) {
rx[i] = rx[i] + 1.0*L;
}
if(ry[i]>L)
{
ry[i] = ry[i] - 1.0*L;
}
else if (ry[i]<0) {
ry[i] = ry[i] + 1.0*L;
}
if(rz[i]>L)
{
rz[i] = rz[i] - 1.0*L;
}
else if (ry[i]<0)
{
rz[i] = rz[i] + 1.0*L;
}
}
return;
}
/*******************************************/
int main ( void )
/*******************************************/
{
int i;
double t;
const gsl_rng_type * A;
gsl_rng_env_setup();
A = gsl_rng_default;
r = gsl_rng_alloc (A);
init();
/*******************************************/
for (t=0;t<TEMPO_MAX;t++)
{
/*******************************************/
if (t==tempo_p)
To = Temp_p;
chain(To);
/******************************************/
uk = 0.0;
for (i=0;i<N;i++)
{
rx[i]+=vx[i]*delt2;
ry[i]+=vy[i]*delt2;
rz[i]+=vz[i]*delt2;
}
aplica_PBC();
/************Calculo das Forças**************/
force();
/********************************************/
for (i=0;i<N;i++)
{
vx[i]+=delt*fx[i];
vy[i]+=delt*fy[i];
vz[i]+=delt*fz[i];
rx[i]+=vx[i]*delt2;
ry[i]+=vy[i]*delt2;
rz[i]+=vz[i]*delt2;
uk+=(vx[i]*vx[i]+vy[i]*vy[i]+vz[i]*vz[i])/2;
}
chain(To);
T = (2/3.)*(uk/N);
et = pe + uk;
/*Tempo,ENERGIA(Potencial,Cinetica,Total) e Temperatura*/
printf("%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n", t,pe,uk,et,T);
/********************************************/
}
return 0;
}
Referências
- ↑ https://www2.ph.ed.ac.uk/~dmarendu/MVP/MVP03.pdf
- ↑ NOSÉ, Shuichi, A molecular dynamics method for simulations in the canonical ensemble, Molecular Physics, 1984, Vol. 52, No. 2, 255-268
- ↑ 3,0 3,1 http://www.courses.physics.helsinki.fi/fys/moldyn/lectures/L5.pdf
- ↑ William G. Hoover, Canonical Dynamics: Equilibrium phase-space distributions, Physical Review A, 1985, Vol. 31, No. 3.
- ↑ MARTYNA, G. J., KLEIN, M. L., TUCKERMAN, M. Nose-Hoover chains: The canonical ensemble via continuous dynamics J. Chem. Phys. 1992, Vol. 97 No. 4.