Medidas dinâmicas

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Em Dinâmica Molecular são chamadas de Medidas (ou Propriedades) Dinâmicas aquelas características do sistema que variam no tempo. Aqui, apresentaremos duas medidas dinâmicas de interessante importância: o deslocamento quadrático médio e a correlação entre velocidades.

Deslocamento quadrático médio

Uma introdução teórica

O Deslocamento quadrático médio, do inglês Mean square displacement (MSD), é uma medida da capacidade de dispersão (difusão) das partículas do sistema. Ela representa a média dos quadrados dos deslocamentos em relação à uma posição de referência anterior de cada partícula (Note que a média dos deslocamentos das partículas é nula, pois o centro de massa não se move, por isso a necessidade de elevarmos ao quadrado). Matematicamente, podemos expressar:

Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle {\rm MSD}\equiv\langle (x-x_0)^2\rangle=\frac{1}{N}\sum_{i=1}^N (x_{i}(t) - x_{i0})^2}

Perceba que o MSD é uma função do tempo (na verdade, do intervalo de tempo) e portanto estamos interessados em estudar como esta função varia no tempo.

Já em dinâmicas com líquidos e gases, teremos então o fenômeno da dispersão. As partículas irão "caminhar" por todo o espaço permitido em um movimento aleatório. Este movimento é conhecido como movimento Browniano e fui estudando por grandes cientistas, como Albert Einstein. Einstein consegiu modelar o deslocamento quadrático médio como uma função linear do tempo, e determinou uma constante chamada de constante de difusão (D):

Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle \langle (x(t)-x_0)^2 \rangle = 2Dt }

Assim, este é um método amplamente usado para quantificar a difusão do sistema. Qualitativamente, classifica-se os sistemas enquanto ao MSD da seguinte forma:

Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle \lim_{t \to \inf} \langle (x(t)-x_0)^2 \rangle = <r^{2}_c> } : Regime confinado

Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle \langle (x(t)-x_0)^2 \rangle \propto t^{\alpha}, 0<\alpha<1} : Regime subdifusivo

Falhou ao verificar gramática (MathML com retorno SVG ou PNG (recomendado para navegadores modernos e ferramentas de acessibilidade): Resposta inválida ("Math extension cannot connect to Restbase.") do servidor "https://wikimedia.org/api/rest_v1/":): {\displaystyle \langle (x(t)-x_0)^2 \rangle = 2Dt^{1} } : Regime normalmente difusivo

$\langle (x(t)-x_{0})^{2}\rangle \propto t^{\alpha },\alpha >1$: Regime superdifusivo

Em uma dinâmica com um estado sólido, esperamos que as partículas apenas vibrem, e não se deslocam grandes distâncias. Portanto, o MSD terá um limite e diremos que o regime é confinado, pois as partículas não têm espaço para se difundirem.

A imagem ao lado mostra o MSD em função do tempo para cada um destes casos.

Implementação computacional

Primeiro é importante ressaltar que precisamos comprar a posição da partícula com a posição da mesma partícula em um tempo anteior de referência, sem levar em consideração o condições de contorno periódicas. Nos trechos de códigos apresentados a seguir, consideraremos que as posições não são corrigidas quanto à este aspecto. Difiniremos um intervalo de passos máximo em que analisaremos o MSD.

1. define numMSD 5000 // Período do MSD

Correlação de velocidades

A Correlação de velocidades é uma medida da variação das velocidades das partículas em um sistema.

Referências

• Frenkel, Daan and Smit, Berend (2001). Understanding Molecular Simulation. Academic Press.