Simulação de Micélio de Fungo - Histórico de revisão

Brunoztemp: /* Discussão de Resultados */

2021-05-26T03:27:49Z

Discussão de Resultados

← Edição anterior		Edição das 00h27min de 26 de maio de 2021
Linha 383:		Linha 383:
	Como discutido anteriormente o mapa de nutrientes utilizado nas simulações de crescimento das hifas interfere diretamente no resultado final referente ao formato do micélio gerado. Para exemplificar essa diferença executamos 3 simulações utilizando cada um dos três estilos de mapas mostrados já citados, o Mapa Nâo Homogêneo, o Homogêneo e o Mapa por Imagem utilizando os códigos listados na seção anterior. Abaixo está representado o crescimento de real de um fungo.		Como discutido anteriormente o mapa de nutrientes utilizado nas simulações de crescimento das hifas interfere diretamente no resultado final referente ao formato do micélio gerado. Para exemplificar essa diferença executamos 3 simulações utilizando cada um dos três estilos de mapas mostrados já citados, o Mapa Nâo Homogêneo, o Homogêneo e o Mapa por Imagem utilizando os códigos listados na seção anterior. Abaixo está representado o crescimento de real de um fungo.

	<li style="display: inline-block;">[[Arquivo:Rhizomorhic-mycelium.jpg\|250px\|thumb\|right\|'''Figura 8''': Crescimento real de um micélio ~~]]</li>~~		<li style="display: inline-block;">[[Arquivo:Rhizomorhic-mycelium.jpg\|250px\|thumb\|right\|'''Figura 8''': Crescimento real de um micélio <ref name='REYNDERS'>B. REYNDERS. Grow mushroom cultures from spore, 2018.(https://funguys.co.za/mushroom-cultivation-tips/growing-mushrooms/grow-mushroom-cultures-from-spore/) </ref>]]</li>
	<ref name='REYNDERS'>B. REYNDERS. Grow mushroom cultures from spore, 2018.(https://funguys.co.za/mushroom-cultivation-tips/growing-mushrooms/grow-mushroom-cultures-from-spore/) </ref>

Brunoztemp em 23h57min de 25 de maio de 2021

2021-05-25T23:57:13Z

← Edição anterior		Edição das 20h57min de 25 de maio de 2021
Linha 1:		Linha 1:
	'''Grupo: Arthur Dornelles, Bruno Zanette, Gabriel De David e Guilherme Hoss'''		'''Grupo: Arthur Dornelles, Bruno Zanette, Gabriel De David e Guilherme Hoss'''

	O objetivo deste trabalho é modelar computacionalmente o desenvolvimento de micélios em fungos com base em mecanismos gerais pré-estabelecidos. O progresso e a complexidade dos modelos cresceram de maneira gradual ao longo do trabalho através de diferentes modelos de crescimento. O trabalho foi inspirado - principalmente - nos dois primeiros capítulos do artigo de Steven Hopkins <ref name='HOPKINS'>S. Hopkins. A Hybrid Mathematical Model of Fungal Mycelia: Tropisms, Polarised Growth and Application to Colony Competition, tese de doutorado, 2011.(https://core.ac.uk/download/pdf/6117416.pdf) </ref>.		O objetivo deste trabalho é modelar computacionalmente o desenvolvimento de micélios em fungos com base em mecanismos gerais pré-estabelecidos buscando a criação de estruturas similares com micélios reais. O progresso e a complexidade dos modelos cresceram de maneira gradual ao longo do trabalho através de diferentes modelos de crescimento. O trabalho foi inspirado - principalmente - nos dois primeiros capítulos do artigo de Steven Hopkins <ref name='HOPKINS'>S. Hopkins. A Hybrid Mathematical Model of Fungal Mycelia: Tropisms, Polarised Growth and Application to Colony Competition, tese de doutorado, 2011.(https://core.ac.uk/download/pdf/6117416.pdf) </ref>.

	== Motivação e Introdução aos Fungos ==		== Motivação e Introdução aos Fungos ==

Gabrielsoton: /* Mapa por imagem */

2021-05-25T17:29:46Z

Mapa por imagem

← Edição anterior		Edição das 14h29min de 25 de maio de 2021
Linha 420:		Linha 420:
	===Mapa por imagem===		===Mapa por imagem===

	A possibilidade de utilizar uma imagem para realizar esse tipo de simulação é de grande importância, pois nos permite analisar um grande número de situações e formatos diversos que apresentariam grande dificuldade de serem modeladas matemáticamente como foi feita na primeira implementação. Abaixo está representada a mesma imagem da seção anterior, mas dessa vez foi diminuido o tamanho do segmento de reta da divisão das hifas, o que aumentou o número de divisões realizadas e consequentemente a legibilidade da frase.		A possibilidade de utilizar uma imagem para realizar esse tipo de simulação é de grande importância, pois nos permite analisar um grande número de situações e formatos diversos que apresentariam grande dificuldade de serem modeladas matemáticamente como foi feita na primeira implementação. Abaixo está representada a mesma imagem da seção anterior, mas dessa vez foi diminuido o tamanho do segmento de reta do crescimento após a divisão das hifas, o que aumentou o número de divisões realizadas e consequentemente a legibilidade da frase.

	[[Arquivo:Muito_obrigado.png\|400px\|thumb\|center\|'''Figura 15''': simulação do crescimento do fungo utilizando o mapa de nutrientes da '''Figura 6''' (a imagem precisou ser invertida, pois os mapas advindos de imagens são invertidos).]]		[[Arquivo:Muito_obrigado.png\|400px\|thumb\|center\|'''Figura 15''': simulação do crescimento do fungo utilizando o mapa de nutrientes da '''Figura 6''' (a imagem precisou ser invertida, pois os mapas advindos de imagens são invertidos).]]

Gabrielsoton: /* Discussão de Resultados */

2021-05-25T16:55:19Z

Discussão de Resultados

← Edição anterior		Edição das 13h55min de 25 de maio de 2021
Linha 381:		Linha 381:
	== Discussão de Resultados ==		== Discussão de Resultados ==

	Como discutido anteriormente o mapa de nutrientes utilizado nas simulações de crescimento das hifas interfere diretamente no resultado final referente ao formato do micélio gerado. Para exemplificar essa diferença executamos 3 simulações utilizando cada um dos três estilos de mapas mostrados ~~anteriormente~~, o Mapa Nâo Homogêneo, o Homogêneo e o Mapa por Imagem utilizando os códigos listados ~~anteriormente~~. Abaixo está representado o crescimento de real de um fungo.		Como discutido anteriormente o mapa de nutrientes utilizado nas simulações de crescimento das hifas interfere diretamente no resultado final referente ao formato do micélio gerado. Para exemplificar essa diferença executamos 3 simulações utilizando cada um dos três estilos de mapas mostrados já citados, o Mapa Nâo Homogêneo, o Homogêneo e o Mapa por Imagem utilizando os códigos listados na seção anterior. Abaixo está representado o crescimento de real de um fungo.

	<li style="display: inline-block;">[[Arquivo:Rhizomorhic-mycelium.jpg\|250px\|thumb\|right\|'''Figura 8''': Crescimento real de um micélio ]]</li>		<li style="display: inline-block;">[[Arquivo:Rhizomorhic-mycelium.jpg\|250px\|thumb\|right\|'''Figura 8''': Crescimento real de um micélio ]]</li>

Hossa: /* Melhorias a serem realizadas */

2021-05-25T01:56:29Z

Melhorias a serem realizadas

← Edição anterior		Edição das 22h56min de 24 de maio de 2021
Linha 426:		Linha 426:
	== Melhorias a serem realizadas ==		== Melhorias a serem realizadas ==

	Através do trabalho realizado foi possível simular o ~~crescimente~~ de fungos de uma forma muito satisfatória, mas para um estudo mais aprofundado poderiam ser feitas algumas otimizações na implementação do algorítmo para deixar a simulação mais próxima da realidade, tais como:		Através do trabalho realizado foi possível simular o crescimento de fungos de uma forma muito satisfatória, mas para um estudo mais aprofundado poderiam ser feitas algumas otimizações na implementação do algorítmo para deixar a simulação mais próxima da realidade, tais como:

	* Considerar o translocação de nutrientes realizada pelas hifas do fungo até as extremidades onde há uma escassez desses insumos;		* Considerar o translocação de nutrientes realizada pelas hifas do fungo até as extremidades onde há uma escassez desses insumos;

Hossa: /* Melhorias a serem realizadas */

2021-05-25T01:56:21Z

Melhorias a serem realizadas

← Edição anterior		Edição das 22h56min de 24 de maio de 2021
Linha 432:		Linha 432:
	* Levar em conta a divisão lateral e não só a dicotômica;		* Levar em conta a divisão lateral e não só a dicotômica;

	* Uma melhoria no algoritmo de ~~deteção~~ de intersecções entre as hifas;		* Uma melhoria no algoritmo de detecção de intersecções entre as hifas;

	* Sistema de mortalidade das hifas levando em conta seu tempo de vida;		* Sistema de mortalidade das hifas levando em conta seu tempo de vida;

Hossa: /* Mapa Homogêneo */

2021-05-24T23:37:17Z

Mapa Homogêneo

← Edição anterior		Edição das 20h37min de 24 de maio de 2021
Linha 398:		Linha 398:
	===Mapa Homogêneo===		===Mapa Homogêneo===

	Inicialmente o mapa de nutrientes ~~homogênio~~ se encontra completo por nutrientes ('''figura 10'''), conforme o fungo vai crescendo parte desses nutrientes é consumida e é representada pelas partes mais claras da '''figura 11''', enquanto o fungo completamente desenvolvido está mostrado na '''figura 12'''.		Inicialmente o mapa de nutrientes homogêneo se encontra completo por nutrientes ('''figura 10'''), conforme o fungo vai crescendo parte desses nutrientes é consumida e é representada pelas partes mais claras da '''figura 11''', enquanto o fungo completamente desenvolvido está mostrado na '''figura 12'''.

	<li style="display: inline-block;">[[Arquivo:nutrii.jpeg\|250px\|thumb\|center\|'''Figura 10''': mapa de nutrientes inicial - e homogêneo - utilizado para obtenção da simulação 2.]]</li>		<li style="display: inline-block;">[[Arquivo:nutrii.jpeg\|250px\|thumb\|center\|'''Figura 10''': mapa de nutrientes inicial - e homogêneo - utilizado para obtenção da simulação 2.]]</li>

Hossa: /* Mapa Homogêneo */

2021-05-24T23:37:03Z

Mapa Homogêneo

← Edição anterior		Edição das 20h37min de 24 de maio de 2021
Linha 410:		Linha 410:
	Abaixo está representada a evolução temporal do crescimento de um micélio utilizando um mapa de nutrientes homogêneo como base para desenvolvimento das hifas.		Abaixo está representada a evolução temporal do crescimento de um micélio utilizando um mapa de nutrientes homogêneo como base para desenvolvimento das hifas.

	<li style="display: inline-block;">[[Arquivo:mice3.jpeg\|1000px\|thumb\|center\|'''Figura 13''': 5 etapas da simulação usando o mapa ~~homogênio~~ de crescimento das hifas de um fungo.]]</li>		<li style="display: inline-block;">[[Arquivo:mice3.jpeg\|1000px\|thumb\|center\|'''Figura 13''': 5 etapas da simulação usando o mapa homogêneo de crescimento das hifas de um fungo.]]</li>

	Agora a mesma evolução representada com a utilização do mapa de nutrientes gerado tendo como base uma imagem.		Agora a mesma evolução representada com a utilização do mapa de nutrientes gerado tendo como base uma imagem.

Hossa: /* Evolução Temporal */

2021-05-24T23:36:07Z

Evolução Temporal

← Edição anterior		Edição das 20h36min de 24 de maio de 2021
Linha 410:		Linha 410:
	Abaixo está representada a evolução temporal do crescimento de um micélio utilizando um mapa de nutrientes homogêneo como base para desenvolvimento das hifas.		Abaixo está representada a evolução temporal do crescimento de um micélio utilizando um mapa de nutrientes homogêneo como base para desenvolvimento das hifas.

	<li style="display: inline-block;">[[Arquivo:mice3.jpeg\|1000px\|thumb\|center\|'''Figura 13''': 5 etapas da simulação usando o mapa ~~homogêneo~~ de crescimento das hifas de um fungo.]]</li>		<li style="display: inline-block;">[[Arquivo:mice3.jpeg\|1000px\|thumb\|center\|'''Figura 13''': 5 etapas da simulação usando o mapa homogênio de crescimento das hifas de um fungo.]]</li>

	Agora a mesma evolução representada com a utilização do mapa de nutrientes gerado tendo como base uma imagem.		Agora a mesma evolução representada com a utilização do mapa de nutrientes gerado tendo como base uma imagem.

Brunoztemp: /* Código Completo */

2021-05-24T22:50:27Z

Código Completo

← Edição anterior		Edição das 19h50min de 24 de maio de 2021
Linha 644:		Linha 644:

	plt.plot(vet[0],vet[1],color='green')		plt.plot(vet[0],vet[1],color='green')

			</source>

			Plot ao longo do tempo:

			<source>
			# plot ao longo do tempo

			numero_plot=5
			size=3
			fig, axs = plt.subplots(1, numero_plot, figsize=(numero_plotsize1.5,1*size))

			repeticao=len(eventos)
			for j in range (0,repeticao):
			vet=[[eventos[j][0],eventos[j][2]],[eventos[j][1],eventos[j][3]]]
			axs[4].plot(vet[0],vet[1],color='green')
			if (j<repeticao/10):
			axs[0].plot(vet[0],vet[1],color='green')
			if (j<repeticao/4):
			axs[1].plot(vet[0],vet[1],color='green')
			if (j<repeticao/2):
			axs[2].plot(vet[0],vet[1],color='green')
			if (j<3*repeticao/4):
			axs[3].plot(vet[0],vet[1],color='green')

			axs[0].set_title("{}".format(int(repeticao/10)))
			axs[1].set_title("{}".format(int(repeticao/4)))
			axs[2].set_title("{}".format(int(repeticao/2)))
			axs[3].set_title("{}".format(int(3*repeticao/4)))
			axs[4].set_title("{}".format(int(repeticao)))


			axis=80

			for b in range (0,numero_plot):
			axs[b].set_xlim(-45,70)
			axs[b].set_ylim(-45,80)


			fig.suptitle('Fungo com repeticoes: {}\n'.format(repeticao))

			plt.show()

	</source>		</source>